1685 yılında İstanbul Eyüp Sultan’da dünyâya geldiği sanılan ve Eyyûbi Bekir Ağa da denilen Ebûbekir Ağa hakkında fazla bir bilgi bulunmamakla beraber, “Çavuş” unvanı taşımasından, genç yaşta Enderun’a girdiği ve musiki bilgilerini burada öğrenerek musiki bilgisini ilerlettiği anlaşılmaktadır.
Zamanla Enderun’da musiki müderrisliğine ve fasl-ı hümayun reisliğine kadar yükselmiştir. Türk musikisinin belki en parlak devrinde yaşamış, 1718 yılından 1730 yılına kadar devam eden Lâle devrinde büyük şöhret yapmış ve çağının en büyük bestekârı olarak tanınmıştır.
Büyük bestekâr Mustafa Itri Efendi öldüğünde 25 yaşında bir genç olan Ebûbekir Ağa, o sıralar henüz ünlü olmamasına rağmen kısa sürede Itri’den boşalan yeri doldurdu ve zamanının Padişahlarının takdirlerini kazandı.
Kendisi de bestekâr olan I. Mahmud çağında Lâle Devri en parlak dönemini yaşamaktaydı. Hacca giden ve “Hacı” ve “Seyyid” diye de anılan Ebûbekir Ağa, şiir de yazmış ve kendi el yazısıyla düzenlediği bir güfte mecmuası, halen İstanbul Üniversitesi Kütüphanesi’nde Türkçe Yazmalar arasında bulunmaktadır.
Yüzlerce eser bestelemesine rağmen günümüze ancak 42 tanesi kalmıştır. Eserlerinde yaşadığı devrin havasına uygun, şen ve şuh bir içliliğin, bir lirizmin çok renkli ve tatlı sesler hâlindeki ifâdesi vardır. Lale Devri’nin renkleriyle örülmüş güzel eserler bırakmıştır. Yaşamı boyunca 8 padişah görmüş, 1759 yılının ilk aylarında 75 yaşında İstanbul’da vefat etmiştir.